Esta película estará basada en el cómic de 2015 Batman/Teenage Mutant Ninja Turtles. En esta historia, escrita por James Tynion IV e ilustrada por Freddie E. Williams II, Krang transporta a Leonardo, Rafael, Donatello y Michaelangelo a otra dimensión, en la cual conocen al caballero de la noche y le ayudan en su enfrentamiento contra sus numerosos enemigos.

Entre los villanos que aparecerán en Batman vs. Teenage Mutant Ninja Turtles se cuentan El Pingüino, Mr. Freeze, Harley Quinn, Poison Ivy, Bane, Ra’s Al-Ghuls y el Joker.

La película contará con la voz de Troy Baker, quien interpretará tanto a Batman como al Joker. Otros actores presentes son Darren Criss (Raphael), Kyle Mooney (Michelangelo), Baron Vaughn (Donatello), Eric Bauza (Leonardo), Rachel Bloom (Batgirl), Tom Kenny (El Pingüino), John DiMaggio (Mr. Freeze), Tara Strong (Harley Quinn y Poison Ivy), Carlos Alazraqui (Bane) y Cas Anvar (Ra’s al Ghul).